Junín ha sido golpeada por fenómenos como tornados o huracanes en varias oportunidades, destacándose particularmente cuatro tormentas muy fuertes durante el siglo XX.
El 25 de abril de 1946 se registró por la tarde una fuerte tormenta que causó serios daños a construcciones, cableados y árboles.
El 9 de enero de 1961, a las 18, el cielo se oscureció y comenzó a incrementarse la velocidad del viento, que finalmente superó los 110 kilómetros por hora. Entre los daños causados, se recuerda principalmente el derrumbe de un sector del Molino Tassara.
El viernes 4 de enero de 1974 se registró un fenómeno atmosférico inusual. A la medianoche la temperatura alcanzó los 28,6ºC con 100% de humedad y sólo 982 hPA de presión. Las condiciones estaban dadas para una gran tormenta, y así ocurrió. A las 0.45 del sábado los vientos alcanzaron los 115 kilómetros por hora -posiblemente hubo ráfagas de mucha más velocidad- que provocaron serios daños en toda la ciudad. La consecuencia más notable fue la voladura del techo del gimnasio del Club Jorge Newbery, que había sido recientemente instalado. La estructura de metal quedó depositada sobre la calle Italia entre España y Newbery.
Éste había sido el peor desastre de su tipo ocurrido hasta entonces en Junín. Pero 15 años después llegaría algo mucho peor.
El jueves 23 de marzo de 1989, en Semana Santa, Junín fue golpeado duramente por un temporal de lluvia, granizo y vientos que superaron los 200 kilómetros por hora. Los mayores daños se registraron en el balneario, donde ya se encontraban unos 3.000 turistas. A las 21 horas la temperatura era de 19,2ºC, la humedad del 85% y la presión había descendido a 1004 hPA. En ese momento y por un lapso de no más de cinco minutos, las ráfagas destruyeron viviendas y llegaron a arrancar enormes eucaliptos. Algunos ejemplares aplastaron autos, carpas y casillas rodantes, provocando la muerte de 3 turistas oriundos de Rosario y Capital Federal, y heridas a otros 18.
La guardería de embarcaciones del Club Náutico fue seriamente dañada, y se encontraron tablas de windsurf a centenares de metros del lugar. En la zona del Camino al Balneario hubo severos daños en el Complejo Deportivo de la AEDGI y en numerosas viviendas. También hubo destrozos en el predio del Golf Club, en el Barrio El Progreso y en varios puntos céntricos.
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