Cuando Juan Manuel de Rosas asume como gobernador y capitán general de la provincia de Buenos Aires, el fuerte vuelve a tomar su nombre original. Rosas comienza a preocuparse por la reconstrucción del Fuerte de la Federación.

Llegan entonces al fuerte las provisiones que hacen posible el establecimiento y la vida de nuevos pobladores. Se reparten las tierras aledañas y se comienzan a sembrar distintos cultivos. Es importante tener en cuenta que la recuperación del fuerte fue consecuencia de los negociados que el gobierno de Rosas hizo con las tribus de la región.

Aunque además de los acuerdos, la campaña al desierto de Rosas, que tuvo como objetivo no la ocupación sino el escarmiento de los nativos, logró que el temor se apoderara de los aborígenes y que muchos se pusieran bajo las órdenes del blanco.

En esta zona estaba el cacique Santiago Yanquelén, que junto con sus indios pampas más un grupo de indios ranqueles se ubicaba en lo que hoy es el puente del Morote y desde allí custodiaba al Fuerte de la Federación de los ataques de los malones de las demás tribus. Yanquelén y sus hombres eran considerados traidores por los otros aborígenes.

Durante el gobierno de Rosas, el comandante José Seguí se hace cargo del fuerte. Seguí era un africano que había llegado al país integrando un contingente de esclavos. Se une luego al ejército y se destaca en algunas acciones. Perseguidor tenaz de indios y servidor fiel de Rosas, fue muy severo durante los 12 años que duró su mandato. En 1863, su cuerpo fue hallado totalmente destrozado en el campo que Rosas le había regalado.

En 1852, año en el que cae el régimen rosista, el Fuerte de la Federación retoma nuevamente el nombre de Junín. La situación es preocupante. Ya no está Rosas para negociar con los indios. Repetidos malones arrasan el fuerte y obligan a sus pobladores a buscar asilo y protección en el interior. Para esta época no había ni cura ni médico. No había escuela ni iglesia y los soldados carecen de las armas necesarias y de una alimentación adecuada.

La autoridad civil está a cargo del juez de Paz, José Eufrasio Ruiz, ya que a partir de 1853, la autoridad civil se separa de la militar, que es ejercida por el comandante del fuerte, que anteriormente reunía ambos poderes. Y a pesar de que desde 1854 existía la ley de organización municipal, Junín no podía formar su municipalidad.

El juez de Paz de ese momento, Pedro José Aparicio, escribe : "los vecinos más capaces de desempeñar esos cargos se han internado en otros pueblos con motivo de las frecuentes invasiones de indios que ha sufrido esta zona".

Todo comienza prácticamente de cero cuando en 1857 se establece el nuevo trazado del pueblo: la calle principal, hoy 20 de septiembre, y las transversales, las manzanas para las casas de los habitantes, la iglesia, el cuartel de las tropas, la escuela, la plaza de la guardia, la pulpería. Y el 23 de marzo de 1861 se inicia en Junín el régimen municipal con 4 municipales, hoy concejales. Un año antes, nacía la casa Basterreix. Frente a la plaza del pueblo, esta casa de ramos generales y de acopio de cereales es hoy el edificio más viejo que existe en Junín.

Aunque en 1864 se crea el partido, un año después Junín era considerado un pequeño pueblito por el gobierno, tal como lo consignan los documentos históricos. Cuenta para ese entonces con 1929 habitantes (diseminados en las chacras y las estancias de la región), y 33 ranchos. Los registros dicen : "El pueblito es un puesto militar compuesto por 33 casas, algunos ranchos, 886 habitantes, cuartel y escuela con 90 alumnos".

Pasa el tiempo y Junín crece. Se establece el alumbrado público con faroles alimentados a kerosene, se instalan árboles en la plaza principal, se construye el Cementerio Central, ya que en un primer momento se encontraba donde está hoy la plaza Alem. Llegan pobladores a la zona, atraídos por un motivo fundamentalmente : los malones indios, luego de la campaña al desierto iniciada por Roca, ya no constituían un peligro para los asentamientos.

Al haber más pobladores, nace la necesidad de comunicación. Surgen las llamadas mensajerías que unen a Junín con los pueblos de Chacabuco, llamada Guardia Nacional, y Chivilcoy.