El 27 de septiembre de 1826 el entonces presidente de la Nación, Bernardino Rivadavia, emite un decreto en el que ordena establecer tres fuertes con el fin de ampliar la línea de frontera. Uno de estos tres fuertes era el de El Potroso.

En Agosto de 1827, se designa a Juan Manuel de Rosas para que ocupe el puesto de Comandante General de Fronteras. El trazado del fuerte de El Potroso queda en manos del ingeniero Teodoro Schuster, quien recomienda no levantar el fortín en el Cerrito Colorado, tal como estaba previsto, sino hacerlo a 21 cuadras de ese lugar, en la margen izquierda del río Salado.

En un primer momento, la tarea de levantar el fuerte estuvo en manos del coronel Federico Rauch, quien se encontraba a cargo del Fuerte del Salto, pero como no recibe la ayuda necesaria, pide licencia por enfermedad. Entonces se encomienda la misión al Segundo Comandante, José Bernardino Buenaventura Escribano.

Escribano recibe la orden de marchar hacia el lugar elegido, y el 27 de diciembre de 1827 acampa junto con sus hombres en el lugar donde hoy está ubicada la plaza principal. De esta manera queda fundado el Fuerte de la Federación, que en aquel momento formaba un pentágono alargado desde las proximidades de la que es hoy la Plaza 9 de Julio, hasta la actual Plaza Alem. Pero el trabajo recién comenzaba.

El 4 de enero de 1828, Escribano escribe a Rosas... "la abundancia de sabandijas que hay en este destino ha puesto la caballada del regimiento que tengo accidentalmente a mi mando en un estado de inutilidad que no cuento con ellos para un caso de repeler al enemigo". Distintos documentos de la época prueban la preocupación de Escribano por sumar más hombres al fortín, y por cubrir las necesidades que tenían los soldados y las familias de algunos de los soldados que se habían establecido en el Fuerte de la Federación.

En marzo de 1828, el comandante Escribano pide licencia por enfermedad y es reemplazado por Federico Rauch. La situación en el fuerte es angustiosa. Así lo manifiesta Rauch en una carta que envía al gobierno. En la misma dice: "las familias están a la intemperie. Por la carestía de géneros y el escaso sueldo de los maridos se hallan medio desnudas".

A fines de 1828, Rauch solicita permiso y Escribano vuelve a hacerse cargo del fuerte, actividad que desempeña hasta septiembre de 1829, fecha en la que es destituido del ejército, acusado de ser opositor al régimen rosista. En 1829 se produce en el fuerte un levantamiento encabezado por dos caudillos del lugar. La sublevación es contenida gracias al accionar del soldado Isidoro Suárez, quien en 1824 había participado en la batalla de Junín por la libertad de Perú.

En homenaje a su labor en la defensa del fuerte se cambia el nombre Fuerte de la Federación y se lo comienza a llamar Junín. El año 1830 encuentra prácticamente abandonado y despoblado al fuerte. Muchos de los ranchos están totalmente destruidos a causa del tiempo y de los frecuentes ataques de los indios.