A pesar del crecimiento que empieza a despuntar en Junín, es el ferrocarril el que marca un antes y un después en la historia del progreso y el desarrollo de la ciudad. El primer tren, del ramal Ferrocarril Central Argentino, llega en 1880. Sale de la ciudad de Luján y terminaba en Pergamino, donde se abrían dos ramales, uno se dirigía hacia San Nicolás y otro a Junín, cuya estación estaba en lo que es hoy la estación de ómnibus.

Las vías corrían por la actual avenida San Martín. Como hacía en todas las ciudades en las que tenía estación, el Central levanta un paredón a lo largo de la calle que hoy se conoce como 25 de Mayo, desde Cabrera hasta Alberdi, donde había dos pasos a niveles.

En 1884 llega el ramal Buenos Aires al Pacífico, y dos años después los talleres ferroviarios. Entre el paredón y las vías del nuevo ramal nace el Pueblo Nuevo donde se ubican los habitantes ingleses que tenían a su cargo a la organización y administración de los ferrocarriles. Vestigios de su paso son el Colegio de San Marcos, el edificio de la administración, el templo metodista.

Una importante oleada de pobladores se radican en Junín, muchos de ellos inmigrantes, en su mayoría españoles e italianos que venían al país atraídos por las leyes inmigratorias dictadas durante el gobierno de Julio A. Roca. La cantidad de habitantes crece vertiginosamente.

Antes de 1880, la población no llegaba 2000 personas. En 1895, el censo establece que en Junín hay aproximadamente 12.500 habitantes, contando los que se encuentran en la zona rural y estaciones que, como Morse y Roca, que comienzan a nacer en la región.

Con el nuevo ramal se produce el loteo de la zona que se llamó Tierra del Fuego, hoy Barrio Belgrano. Allí se ubicaron muchos de los nuevos habitantes, trabajadores de los hoy desaparecidos talleres ferroviarios.

Otro fenómeno se produjo con la llegada de los ramales. Junín quedó dividido en tres pueblos muy poco comunicados: el Pueblo Viejo, al norte del paredón, el Pueblo Nuevo, entre el paredón y las vías del Buenos Aires al Pacífico, y Tierra del Fuego. Por este motivo cuando en 1912 el paredón es destruido gracias a las pedidos de los vecinos del lugar, no hay tres Junín, sino dos, que aún hoy continúan separados por las vías del ferrocarril.

En 1937 y debido a la crisis del '30, el Central Argentino y el Buenos Aires al Pacífico se fusionan. Ya no era necesario que existieran dos estaciones para un mismo ramal, y las vías y la estación del Central desaparecen.

Por la importancia que comienza a adquirir Junín, en 1892 una sucursal del Banco Nación abre sus puertas frente a la plaza principal. Diez años después lo hace el Banco Provincia. Y en esa mismo época nacen para el ocio y el entretenimiento de los pobladores la confitería 9 de Julio y el Teatro Italiano.

El Palacio Municipal, tal cual hoy lo conocemos, se construye en 1904. Junín había crecido mucho. En los talleres ferroviarios trabajaban para 1906, 1607 obreros, dependiendo de ellos 6000 personas. Por ello Junín es declarado ciudad en el año 1906.